в контексте данного СНиПа, считаются ли станции пересадочного узла чем-то единым?
на одной из станций пересадочного узла в любом случае должно быть два наклона
О чём спор? Надо просто взять и прочитать СНиП.
5.3.2 Станции следует предусматривать с двумя вестибюлями.
5.3.6 На пересадочных станциях для каждой станции следует предусматривать, как правило, отдельный вестибюль.
Опять же словосочетание-лазейка "как правило"!!! То есть, отдельный вестибюль нужен, но если очень хочеться, то можно не делать.
СНиП можно нарушать при обосновании в надзорных органах
Да, вы правильно понимаете.