Как раз проблема в том что они не связаны. Т.е. если вы оплатили проезд (подорожником или карточкой на определенное число поездок) скажем у кондуктора (далее сколько бы вы не прикладывали карточку к его валидатору поездки (деньги) списываться уже не будут) а потом подошли к стационарному то он возьмет у вас оплату еще раз. Ну и наоборот соотв. Поэтому надо "прикладываться" или туда или туда.
Но тут возникает человеческая проблема (я надеюсь что она скоро уйдет с вводом стационарных валидаторов в официальную эксплуатацию). Дело в том что
а) поскольку стационарные валидаторы еще тестируются то далеко не всегда их "сбрасывают" на конечной и в итоге если вы попадете в тот же автобус второй раз (может даже через неделю) то у вас будет повтор и вы проедете бесплатно. Соотв если вы приложились не на виду у кондуктора и он не видел зеленый свет то будет сложно доказать что проезд оплачен (хотя по уму желтый тоже означает что уже все уплачено)
б) кондуктор с проверки вашей карточки получает денежку. со стационара, как недавно выяснили, не получает...
Вообщем пока официально валидаторы не запустили лучше "отовариваться" у кондуктора или быть готовым к потенциальной стычке если не хочется платить дважды

Надеюсь модераторы не сильно будут ругаться на обсуждение наземного процесса оплаты

но подорожник перенял описанную выше проблему у 10-и поездочного.