Почему так получилось, точно сказать не могу, есть только предположения. В центре Баку очень плотная застройка и расположить правильно станцию метро сложно. Когда проектировалался пересадочный узел, снос домов наверняка не планировался. Тем более, в районе вокзальной площади сплошь историческая застройка. Если надо, могу еще фоток выложить - я там много снимал, но т. к. объекты метрополитена на их не попадают, выкладывать тут не стал.
Добавлено: Хотя, чем больше над этим думаешь, тем больше не понимаешь, почему сделано именно так. Линии в этом месте проходят не совсем параллельно, станционные тоннели при желании можно было расположить выше вокзала, под проспектом Хатаи. Заодно и дома снести - все равно сейчас их там сносят. Историческая застройка непосредственно на площади, на которую и прилепили станцию. При желании вообще можно было сделать пересадку а-ля "Технологический институт", благо поезда и так вилкой ходят... Короче, все люди как люди, а азербайджанцы сделали по-азербайджански. Главное - станцию именем кого-то назвать.

Хотя нет, туплю. Станции и так расположены выше вокзала. Остается предположение о слабых грунтах и невозможности строительства без закрытия действующей линии. С точки зрения градостроительства площадь (даже без выходов из метро) в том месте была бы совершенно не лишней. Правда, пришлось бы снести пару кварталов старой застройки, чтобы сделать проспект до развязки с улицей Рашида Бейбутова. Существующие улицы узкие и не справляются с трафиком.
Нижеследующие схемы решил выложить отдельными постами исключительно ради удобства рассмотрения - каждой из них полагаются пространные комментарии.