Сквозное движение имеет только плюсы, и не одного минуса
1. Метро удобнее - уменьшается количество оборотов, проще администрирование, меньше холостые пробеги утром и вечером и т.д.
2. Если уж пока есть возможность ездить беспересадочно с приморского радиуса на правобережный, то почему нет?
3. Весьма загадочный для меня вопрос, как можно было одну Садовую открыть, как отдельную ветку?
Относительно "оставить все как есть" имеет следующие минусы:
1. Путевое развитие против этого. Спасская предназначена для Правобережной ветки, а не Фрунзнеского радиуса.
2. Честно говоря, у меня есть ощущение, что это все равно две ветки с точки зрения транспортных потоков. Садовая на этой ветке станция массового входа и выхода. Так что таких как, вы, Елена, пассажиров, достаточно мало.